Fortis Türkiye Kupası 3. turunda 5'erli gruplardan oluşan takımlar, tek maçlı eleminasyon sistemiyle mücadele edecek. Gruplarında ilk iki sırada yer alacak 8 takım çeyrek finale yükselecek. Çeyrek final ve yarı final maçları ise çift maçlı eleminasyon sistemiyle oynanacak. Fortis Türkiye Kupası'nın 9 Mayıs 2007'de yapılacak olan final maçını kazanan takım ise, 3.5 milyon dolarlık ödülün sahibi olacak.